كلية الهندسة هي احدي الكليات المؤسسة للجامعة حيث بدات في العام 1994م بعدد 63 طالبا وتطورت الي ان وصل العدد الان الي الالفي وخمسمائة طالب وطالبة واصبحت من الكليات المرغوبة بشدة وتحتل مرتبة متقدمة في اختيار طلاب القبول لكليات الهندسة. تعمل الكلية الان في مباني الكلية بكافوري بالخرطوم بحري كما انها تقدم برامج بكالريوس الهندسة المدنية والكهربائية وهندسة الحاسوب والاتصالات بالاضافة الي دبلوم الهندسة المدنية.